Нефтеюганским межрайонным следственным отделом следственного управления Следственного комитета России по Ханты–Мансийскому автономному округу-Югре в отношении руководителя общества с ограниченной ответственностью «Нефтеюганский научно-исследовательский и проектный институт» возбуждено уголовное дело по ч.1 ст.199 УК РФ (уклонение от уплаты налогов с организации, совершённое в крупном размере).
В период с января 2011 года по январь 2012 года руководитель института, с целью получения всей прибыли от реализации услуг, внёс в налоговые декларации заведомо ложные сведения о фиктивных финансово-хозяйственных взаимоотношениях возглавляемого им предприятия с коммерческой организацией, чем уклонился от уплаты в бюджет Российской Федерации налога на добавленную стоимость на общую сумму более 16 миллионов рублей.
В настоящее время проводятся следственные действия, направленные на сбор и закрепление доказательственной базы.